Als hbo-opleiding is Bio-informatica een van de weinige waarmee je direct, zonder pre-master, kunt doorstromen naar een universitaire master. Een behoorlijk aantal afgestudeerden kiest er dan ook voor om verder te studeren.

De opleiding Bio-informatica van Hogeschool Leiden sluit aan op de masteropleiding Bio-informatica (en systeembiologie) van het LIACS (Universiteit Leiden en TU Delft), Wageningen University & Research en de Vrije Universiteit Amsterdam. Je kunt in twee jaar de mastertitel verwerven. Als je het wetenschappelijk onderzoek in wil dan kun je hierna gaan promoveren.