Na het afronden van de bacheloropleiding volgen verreweg de meeste studenten de masteropleiding. De Universiteit Leiden stimuleert studenten om na hun bacheloropleiding door te gaan met de masteropleiding.

Zowel Leiden als Delft bieden een master­opleiding LST aan. In Leiden is de master­opleiding gericht op het fundamentele onderzoek in o.a. de chemische biologie en de biochemie. De masteropleiding in Delft is met name gericht op toegepast onderzoek in de industriële biotechnologie en de enzymologie. Ook andere master­opleidingen, in binnen- en buitenland, staan voor je open.